会員が本尊として仰ぎ、礼拝する対象を「久遠実成大恩教主釈迦牟尼世尊（くおんじつじょうだいおんきょうしゅしゃかむにせそん）」（久遠本仏）といいます。
本部大聖堂に安置されている本尊像は、この世に出現し、真理を説いた釈尊の姿と、法華経に説かれている久遠の本仏を一体化し、目に見える形に表したものです。多宝如来を光背の中央上部の多宝塔に配し、上行・無辺行・浄行・安立行の四大菩薩を光背の左右に配しております。本尊像には庭野日敬開祖が写経した法華三部経（全十巻と結願文（けちがんもん））が納められています。
本尊像の印相（いんぞう）は「与願施無畏印（よがんせむいいん）」で左手の「与願印」は、仏が衆生の願いを聞き入れ、成就させることを示しています。また、右手の「施無畏印」は仏がさまざまな畏怖（いふ）を取り去り、衆生を救うことを表しています。
